Laudrup pályafutásának befejezése után két év elmúltán döntött úgy hogy edző pályára adja a fejét. Elsősorban azért is mivel nem bírt elszakadni a foci adta izgalmaktól, másrészt pedig úgy gondolta, hogy még további nagy sikerekben is része lehet, ha az edző pályát választja.
Első munkáját a Dán válogatottnál kapta, mint Morten Olsen szövetségi kapitány segédedzője, itt rengeteget tanult a játékosok felkészítéséről és az edzési módszerek kialakításáról. Két év után azonban saját vezetői munkát szeretett volna, így került a 10-szeres Dán Bajnok Brøndby IF-hez 2002-ben. Első évében rögtön Dán kupa győzelemre vezette csapatát ám a bajnokságban csak a második helyet érték el.
Két év múlva, amikor már teljesen saját csapatot hozott létre maga körül végre megtört a jég és edzőként elérte a legnagyobb sikerét és a Brøndby IF-el Dán Kupagyőztes és Bajnok is lett. Ebben a szezonban olyan nevek szerepeltek a bajnokcsapatában, mint Johan Elmander, Daniel Agger és Hannes Sigurðsson ezért érthető volt, hogy ilyen csapattal újra bajnoknak kell lennie a következő évben is. Ám ez nem sikerült neki, így négy év után otthagyat a Brøndby csapatát.
Egy év múltán 2007-ben visszatért sikerei színhelyére ám, mint már edző, Spanyolországban vállalt munkát, a Getafe-nál ahol már nagyon várták az érkezését mikor hírbe került, hogy egy többszörös Spanyol bajnok ül le a Madridi kis csapat edzői kispadjára. A Getafe ebben az idényben felülmúlta önmagát és újra elérte azt, hogy a Spanyol Kupa döntőjében szerepeljen.
A Getafe-val töltött egy idényében, az UEFA kupában is szerepelhetett és sokak meglepetésére egészen a negyeddöntőig vitte el a csapatot ahol a Bayern München állította meg a Madridi gárdát. Egy év után azonban ott kellet hagynia a Getafe-ét , mivel a vezetőség nem akart újabb játékosokat venni és erősebb csapatot építeni ,ezért Laudrup a távozás mellet döntött.
Nem sokáig volt munka nélkül mivel az Orosz Spartak Moszkvánál vállalt munkát ám kevés sikerrel, és mivel nem tetszett neki az Orosz Liga színvonala sem a Spartak játékos politikája, emiatt egy év után innen is távozott. Úgy döntött egy évet pihen és csak utána vállal újra edzői munkát.
A Swansea-hoz 2012 júniusában került és előtte még egy évig a 2011-2012-es szezonban a Spanyol Mallorcát irányította, ahol mindössze a 17. helyre tudta csak a csapatot behozni a rossz körülményekre hivatkozva.
A Swansea-nál egy két éves kontraktus kötöttek Michael Laudrup-al amit, látva a Swansea teljesítményét és a szezon kezdetett valószínű, hogy meg is fognak majd hosszabbítani. Laudrup amikor a hattyúkhoz került első nyilatkozatában azt mondta „egy olyan gárdát irányíthat amilyet még soha nem látott, mivel ilyen elszántsággal csak a legnagyobbak játékosok tudnak küzdeni egy klubbért...”.
1. rész aki nem olvasta volna az itt elolvashatja: Tovább